Z niepowtarzalnym bagażem wiedzy i doświadczeń Sykes i Fairbairn wyjechali z Szanghaju w 1940 roku i powrócili do Anglii, szykującej się do obrony przed Niemcami oraz możliwej okupacji. Ich wiedza natychmiast została wykorzystana w Secret Intelligence Services – Section D. Zaczęli nauczać Close Quarter Combat. Do pomocy sobie selekcjonowali 12-osobową kadrę instruktorów – słynną później „dwunastkę Fairbairna”.

W tym czasie także światło dzienne ujrzały dwa epokowe dzieła tego duetu, a przy tym jedyne dwa pod którymi Sykes umieścił swoje nazwisko. Pierwsze z nich to nóż FS (Fairbairn-Sykes Commando Knife) – słynny sztylet, idealnie dopracowany pod kątem walki. Drugie to książka „Shooting To Live”, źródło systemu strzeleckiego, który obecnie zyskał sobie nazwę Point Shooting. Książka niezwykła nie tylko jako wydawany do dzisiaj podręcznik, ale również źródło wiedzy o ludzkich reakcjach na stres.

W 1942 zostali włączeni do nowo utworzonej Special Operations Executive (SOE). Ich słuchaczami byli sabotażyści, komandosi, agenci konspiracji i inny personel sił specjalnych.

Mniej więcej w tym okresie przyjaźń Sykesa i Fairbairna gwałtownie i na zawsze została zerwana, a w to miejsce pojawiła się zapiekła niechęć. Nie wiadomo z całą pewnością jak do tego doszło. W każdym razie nigdy już ze sobą nie rozmawiali, a nawet publicznie nie wspominali nawzajem swoich nazwisk.

Wkrótce Fairbairn został wysłany do słynnego później Camp X w Kanadzie, a Sykes doskonale prosperował na swoim już własnym terenie. Został głównym instruktorem SOE do spraw treningu close-combat. Sformalizował kurs walki, który nazwał „Silent Killing”. Stał się on standardową instrukcją dla wszystkich rekrutów wszystkich centrów treningowych SOE na świecie. Napisał program szkolenia dla członków tzw. Jedburgh Team’s, zespołów, które miały być zrzucane na tereny okupowane w celu poczynienia przygotowań na przyjście aliantów. Potem został szefem wyszkolenia tych zespołów, będących wspólnym brytyjsko-amerykańskim projektem. Z czasem awansował także do rangi majora.

Pod koniec 1944 roku Sykes nagle podupadł na zdrowiu. Wkrótce lekarze SOE uznali go za niezdolnego do służby. Na początku 1945 roku został zmuszony do odejścia na emeryturę, co oficjalnie nastąpiło w kwietniu tamtego roku. Koniec nastąpił bardzo szybko. Zmarł 12 maja 1945 roku w wieku zaledwie 62 lat, w małym hotelu w Bexhill on Sea. Odszedł w samotności, zapomniany przez ludzi i firmy, którym tak doskonale służył przez tyle lat.